Poté, co si v administraci přiřadíte k hlavnímu účtu další domény jako aliasy stačí, když si v adresáři www na FTP vytvoříte adresáře s názvy svých všech domén (včetně zmíněné hlavní), např.

mojedomena.cz
mujobchod.cz

poté ve stejném adresáři (www) vytvoříte soubor .htaccess dle následujícího vzoru:

RewriteEngine on

RewriteCond %{HTTP_HOST} ^(www.)?mojedomena.cz$ [NC]
RewriteCond %{REQUEST_URI} !^/mojedomena.cz/
RewriteRule ^(.*)$ /mojedomena.cz/$1

RewriteCond %{HTTP_HOST} ^(www.)?mujobchod.cz$ [NC]
RewriteCond %{REQUEST_URI} !^/mujobchod.cz/
RewriteRule ^(.*)$ /mujobchod.cz/$1